固定残業代が最低賃金を下回っていると指摘を受けました。どう修正すればよいですか？

時間外労働の1時間当たりの賃金額が、各都道府県の最低賃金（厚生労働省HP）を下回らない金額で固定残業代を設定してください。
なお、法定労働時間を超える時間外労働に対しては、賃金の割増が必要（厚生労働省HP）です。